Camera di San Carlo
La seconda sala è denominata appunto Camera di San Carlo in quanto riunisce il mobilio che venne utilizzato da San Carlo Borromeo durante le sue tre permanenze a Corbetta. La stanza, originariamente, era conservata presso Palazzo Frisiani ove il cardinale aveva soggiornato e venne donata al Santuario negli anni '40 dall'ultimo discendente della casata, Gottardo.
Nella sala è conservato anche lo studio di San Carlo e l'altare ove celebrava messa oltre ad una serie di reliquie e di dipinti di autori anonimi a soggetto sacro.
Qui si trova anche l'opera principale di tutto il museo, ovvero una "Madonna con bambino con san Francesco e san Domenico" di Giulio Cesare Procaccini, contraddistinta da una trionfale cornice barocca coeva.
In occasione della mostra permanente su Paolo VI, nella sala è conservata una coppia di ceri pasquali donati dai suoi successori.